Explora ha recibido reconocimientos y distinciones de diversas organizaciones, tanto mexicanas como internacionales. Entre los principales destacan los siguientes:

Premio Latinoamericano de Popularización de la Ciencia y la Tecnología 2000-2001

Este premio, otorgado por la Red Pop – UNESCO (Red para la Popularización de la Ciencia y la Tecnología en América Latina y el Caribe) con apoyo de la Universidad Nacional de Colombia, fue entregado a Explora en Santiago de Chile

Reconocimiento del CONASIDA

En 2001, en un foro de cooperación internacional en torno al VIH / SIDA / ITS y en un libro publicado por la Secretaría de Salud de México, el Consejo Nacional para la Prevención y Control del SIDA (CONASIDA), reconoció a la exposición itinerante de Explora “¿Qué onda con el SIDA?” como una de las mejores prácticas del país en su lucha contra el SIDA.

Reconocimiento de Microsoft

En el año 2000, la empresa Microsoft reconoció la efectividad y la pertinencia social de los Centros del Saber de Explora, mediante la producción de un video sobre éstas multitecas de barrio, como un caso exitoso de educación no-formal basada en recursos computacionales y teleinformáticas. El video fue transmitido por Edusat a varios países de América Latina.

Premio Latinoamericano de Popularización de la Ciencia y la Tecnología 2006-2007

En Mayo de 2007, en Costa Rica, la Red Pop otorgó por segunda ocasión a Explora el Premio Latinoamericano de Popularización de Ciencia y Tecnología, reconociendo así el impacto social de sus programas, la calidad de sus servicios, sus propuestas innovadoras, y su colaboración y aportes a la comunidad internacional dedicada a promover la cultura científica.